Предположим эталонная папка Project_01 в которой дочерняя drawable и в ней несколько png файлов. А дубликаты находятся в папке OldProject в которой несколько дочерних папок Project_98, Project_97 и т.д. и в каждой дочерняя папка drawable c png файлами.
И вот найдет ваша схема два дубликата: OldProject/Project_98/drawable/simple.png и OldProject/Project_97/drawable/simple.png, а удалит только один, тот что первый в списке будет.
Мою схему видно вы не смотрели, как и схему Udokanec
