Надо проверить работу меню по иконке в трее, когда все окна программы невидимы.

Кроме того, функция TrackPopupMenu возвращает 0, когда меню закрывается без выбора пункта - а это может выдаваться как событие выбора первого пункта списка.
Нужно сохранять значение в переменную и обрабатывать результат.

Событие onEndPopup может утратить свой функционал, так как сработает только после выбора пункта.