Проблема не в запятых, а в пробелах. Командную строку надо заключать в кавычки.
Хотя, Эксплорер может как-то дополнительно интерпретировать запятые. Решение - то же.
Но лучше использовать doShellExec + Action=open или explore. Возможно, путь тоже в кавычках должен быть.