Да, просто копируешь поверх. Но так можно делать не для всех файлов. Некоторые требуют замены еще нескольких модулей. Но вроде как последних таких пока что еще не было. Я, к примеру, использую для таких целей TC в режиме синхронизации каталогов. Он показывает файлы с отличием.