RedBall написал в http://hiasm.hexshock.com/xf/topic.php?t=6574&start=30, а заметил я только сейчас (приношу сорри):

- Проблему оптимального использования дискового пространства решают созданные для этих целей инструменты, пример из брендов: PowerQuest (ныне - Norton) PartitionMagic. В нём же есть анализатор файловой ситуации на диске и рекомендации по выбору размера кластера.

- ЗАБЛУЖДЕНИЕ: При создании новых каталогов (вложенных - для файлов компонентов) с самими файлами (которые есть "области с данными на диске" ) ничего не произойдёт, они, скорее всего, даже не изменят своего физического расположения на диске - изменятся только пути к этим файлам ("областям с данными" ) в таблице FAT этого диска. Из Проводника, правда, таблицу FAT увидеть не удастся, но это не значит, что её не существует.

Пояснения (для тех, кто, возможно, не очень в курсе):
1. Под термином "файловая структура архива" в проекте ТЗ понимаются именно соответствующие записи в таблице FAT данного логического диска.
2. Под "навигацией по архиву HiArсh на уровне файловой структуры" подразумевается использование возможности сохранять "личные" идентификационные данные компонентов (которые необходимы менеджеру для обслуживания архива) не в дополнительных (служебных) файлах, а в записях об этих файлах в таблице FAT - которые в любом случае будут созданы там системой при помещении файлов на диск, но - в нашем случае - эти записи будут ещё и использованы нами "в личных целях".
3. Работа с FAT достаточно хорошо организована в системе: здесь применяется и резервирование, и кеширование - поэтому скорость и надёжность работы менеджера будут поддержаны системными сервисами обслуживания дисковой подсистемы компьютера.

Ну, а если кого-то действительно волнует вопрос примирения программы HiAsm с файловой структурой жесткого диска, могу дать несколько рекомендаций. В связи с тем, что HiAsm использует много мелких файлов, имеет смысл настроить логический диск с учётом этой особенности:
- Выделить (создать) для программы HiAsm отдельный логический диск.
Размер диска может (и должен) быть небольшим - MAX=2 Гб (почему: см. дальше).
- Назначить диску тип файловой системы = FAT (но не FAT32).
Этот тип файловой системы гораздо компактнее и "быстрее", чем FAT32, однако, за это приходиться расплачиваться максимально возможным размером логического диска (2 Гб).
- Задать размер кластера = 4-8 кб.
Никто не мешает, кстати, уменьшить размер кластера и под FAT32, но такое решение чревато увеличением размера таблицы FAT и снижением быстродействия обслуживания её системой.
- Спокойно спать и не переживать о "хвостах" кластеров.
Всё тот же PartitionMagic реализует все описанные настройки минут за 5, даже при запуске его на диске с установленной программой HiAsm и всеми прочими вашими проектами и пр.