А ты там не SVN пишешь?
Была такая мысль написать свой синхронизатор файлов(папок) ,что то в инете хорошего не нашёл.Но сравнивать надо не только по именам но и по дате,по размеру.При большом количестве сравнивать пол- дня будет.
Чтобы сравнивать чего написали другие.
Я пользуюсь WinMerge.