Первая и третья кнопка запускают скрипт в том же Thread, что и само приложение, а вот вторая - непосредственно в новом Thread-е и вот тут чего-то нехватает. Сама по себе Script Engine может работать в нескольких Thread-ах, тут надо глубже копаться.

З.Ы. IActiveScript::GetScriptDispatch почему-то возвращает nil. Возможно потому, что скрипт создаётся в одном Thread-е, а используется в другом. Если добавить анализ возвращаемого значения - ошибка не возникает, но и скрипт, естесственно, не вызывается