Как решать понятно - менять местами Z-координаты панелей при перестановке в редакторе формы
Но ерунда получается - это привязано становится к кодогенерации...

Предположим захочу я делать ее так:
1) Обрабатываю элементы в порядке соответствующем Z - как в sha файле
2) Сразу после конструктора элемента устанавливаю ему все св-ва, кроме линков
3) Принудительно каждому делаю BringToFront в этом же цикле
4) Все линки устанавливаю повторным циклом

Какие плюсы:
1) Нет заморочек с расположением конструктора контролла: в Create или в Init
2) Созданная динамическая панель оказывается сверху, а не под всеми

И это потребует от редактора форм другой логики обработки Align-ов
Плюс к тому, VCL при Align, кажется, не учитывает Border...