v258,
чесно говоря не знаю но думаю что не все программы можно так запустить.
Но могу предположить.
Некоторым программам требуется чтение из реестра каких либо данных
которых нет на флешке(думаю поэтому они не запускаются.
У меня прога Sticky Password запускается сразу и ничего нажимать ненадо.
Да код прога создала сама и сама создала свою копию для работы на флешке.
Ещё это зависит от флешки.
На дорогой флешке у меня установлена программа MIGO (была уже куплена с этой прогой)
Так вот эта MIGO сама запускалась и выдавала меню работы с флешкой.(занимала место на
флешке и я её удалил).
После установки на эту флешку Sticky Password запускались они обе.
при этом MIGO запускалась в минимизированном виде(есть у неё такой режим).

На обычной флешке после вставки вылезает такое окно.