хранить по ID конечно же можно, но хотелось бы иметь возможность при заходе на FTP понимать содержимое файла по его имени. Вероятно действительно имеет смысл сохранять на диске файл по маске (исходное имя файла)_(id из базы), что очевидно решит проблему уникальности имен сохранив читаемость названий