проблема не в том, что чего-то проще отслеживать, а в том, что добавление элемента в *.db это изменение файла, а в *.sql - это именно добавление. И SVN и любая иная сколь угодно умная система контроля версий всегда будет вызывать конфликты при обнаружение двух независимых редакций одного файла, измененного в одном и том же месте(байте). Просто в иных системах практикуется метод lock'ов, обратной стороной которого является невозможность нескольким разработчикам работать с одним и тем же файлом.