Схему рисовать не буду из принципа, но идей набросаю.

1. Параллельный запуск: как минимум - должно сработать с Mode = SW_HIDE. В принципе, в MSDN описано ещё несколько (не реализованных в модуле ShellApi?) констант для Mode,
в частности - SW_SHOWMINNOACTIVE.

2. Можно найти (FindWindow) окно кликера (по заголовку или по оконному классу) и закрыть его через WinTools

3. Кликер - собирается на основе KeyHook и MouseEvent

2Dilma: опередил