Кабы была только одна труба, откуда читать надо, я бы выкинул PeekNamedPipe и проблем меньше было бы. Можно два потока замутить, хотя надобность этого под вопросом.
Выход из цикла по bError=true будет только когда мы хендлы закроем. Вместо пустого event-а для задержки можно hProcess ожидать, чтобы поймать момент, когда процесс сам собой завершится. Надо только потом из трубы дочитать.
pi.hThread надо бы конечно сразу отпускать, хотя, после того как мы убьём процесс (или он сам помрёт) pi.hThread уже никого не интересует.