До установки сертификат - действительно обычный файл. А вот процесс установки - это (вроде) не просто копирование куда-то в системную директорию. Возможно, данные из этого сертификата заносятся в реестр в зашифрованном (криптостойким образом) методом. Если очень интересно - поищи, наверняка в Сети есть подробное описание "для программистов", а где-то в недрах CryptoAPI есть и функции работы с сертификатами.