это как раз не так страшно, поскольку закоммитеть непоследнюю версию не выдет. Ну и конфликт тоже случай достаточно редкий. А вот когда имеется две копии SVN и после обновления с одной в другую переносится файл - вот тут и происходит потеря изменений с последующим бардаком в репозитории. Поэтому иметь надо одну копию и работать только с ней.