Программы построенные на подобном алгоритме существуют, например NoClone (сам ей пользуюсь, когда нужно просмотреть и сравнить очень много файлов, задав папки для просмотра и указав маску фильтра), но в ней нет такой мелочи как перетаскивания файлов и отображения MD5 (при проверке скачанного из I-net), вот и была сделана FileCompare для использования на скорую руку (кстати идею индивидуальных номеров файлов почерпнул именно из NoClone).

Tad и nesco спасибо за подсказку со StyleXP.