посмотрел эту программу(Ibdesk) и убедился, что запускать explorer дважды всетаки невозможно, о чем с самого начала и говорилось в теме. В коде code_11398 видимо все тоже самое делается. Это не создание нового потока - это создание какой-то виртуальной сессии на компе, после которой все запускаемые впоследствие программы принадлежат уже разным виртуальным средам. Проявляется это скажем на том, что стандартные комбинации через клавишу Win обрабатываются только первой копией Explorer(из основной сессии) и все запускаемые таким образом приложения(TaskMan, Run, Explorer и прочие) не видно до тех пор, пока не переключишся на первый десктоп. Если попробовать вывести список окон, то можно заметить, что и там присутствуют только те, которые были открыты именно с текущего десктопа и перетащить их никуда больше не получится.

Сделан же этот режим для использования удаленных терминалов(Remote desktop и Telnet) и не для чего больше.

Правильно построенный виртуальный рабочий стол можно найти в примере из пакета WindowsVirtDesk.sha