А раз вопрос на пересохранении, то предлагаю решение:
Просто взять и добавить функцию в HiUpdate: "выключить HiAsm". А сам HiAsm спросит: " Сохранить изменения в проекте <...> ?"
А затем включить обновление HiAsm(не перезапуская HiUpdate)