У меня тоже подобные ошибки бывают, решаю так: выйти из мультиэлемента и удалить его. Если ты вырезал часть схемы из проги, то она еще в буфере и ее можно вставить назад в прогу...
Потом отцепляю эти лишние связи от элементов(чтоб остался неподключенный кусок схемы) и его уже переношу в мультиэлемент...
Но есть путь проще: можно выделить ту часть схемы, которую хочешь поместить в мультиэлемент и скомандовать"поместить в..."
Но для этого ты должен зайти в хиасм - сервис - редактор команд, там выбрать справа в выпадающем списке "контекстное меню элемента рабочего стола" а слева выбрать команду "поместить в..." и добавить ее в правый список... Потом щелкаешь Ок, выделяешь кусок схемы, который должен переместится в мультиэлемент, щелкаешь правой кнопкой мыши по любому выделенному элементу и выбираешь "поместить в...", откроется список, там выбери мультиэлемент(если не активен, значит нельзя поместить, тогда придется ручками по несколько элементов за раз перемещать вручную)

А линия лишняя - так ты кусок формы выделил(а копируется все, что выделено), вот линия от Copy к форме и идет... Получается две линии к одной точке(в обход мультиэлемента), наверное поэтому ошибка...
У меня такие ошибки тоже часто вылазят, но их легко исправлять и программа от них у меня еще не падала...