ну или переименовать программу например "start.exe" в "start_.exe" далее ставится апдейт и при запуске "start.exe" он удаляет "start_.exe" и всё...

p.s. вариантов куча
------------ Дoбавленo в 20.02:
и кстати Ivann, переименовываем точкой doRename DirTools