Давно пользуюсь такой возможностью... Хоть 100 копий обьекта можно по всему диску раскидать, а занимать место будет как 1 копия...
Эта называется символьная и жесткая ссылка (симлинк и хардлинк)
Почитать можно здесь: [burl=http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B8%D0%BC%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D1%81%D1%81%D1%8B%D0%BB%D0%BA%D0%B0]симлинк[/burl] [burl=http://ru.wikipedia.org/wiki/Hardlink]хардлинк[/burl] [burl=http://habrahabr.ru/blogs/windows/50878/]Простыми словами[/burl]
Вкратце:
симлинк создает подобие ярлыка - действует на всех дисках, весит копейки... При уничтожении оригинала все ссылки становятся бесполезными
хардлинк - действует только в пределах своего диска(!)... Весит как оригинал, но фактически место занимает только оригинал. При уничтожении оригинала остальные ссылки рабочие... Удалить файл с диска вообще полностью можно лишь удалив все до одного хардлинки... Если хоть один забыл - файл будет на диске и будет занимать место...

В totalcmd интегрировал NtfsLinks и легко создаю ссылки одним нажатием...

В начале конечно и у меня хаос был, пока мне тоже не надоело
Но теперь на жестяке порядок...
Но поспешу огорчить - все делалось ручками, в свободное время... Не все еще разобрано - гигов 20 до сих пор в папке musor валяется, удалить жалко, перебирать пока лень
Убил конечно много времени на такую нудную и скучную работу, но результатами доволен - к большинству папок могу по памяти в консоли прописать путь (почти все папки начинаются с маленькой буквы, что еще несколько облегчает запоминание)...
Насчет программ-каталогизаторов: Использую только одну CD Collection (из-за быстрого добавления дисков с автосканированием содержимого) для архива dvd дисков
[flood]Про жестяки: все загрузки идут на один из дисков в одну папку, а в ней уже папки по прогам... На закачанные торренты идеально хардлинк делать - в итоге и торрент раздается, и в нужной папке файл лежит... Захотел освободить папку с торрентами и прекратить раздачу - удаляешь ее, а хардлинк в нужной папке целый остается - файл не потерян...
Ну и симлинки использую, чаще всего на папки с настройками - например Skype: он разделен на 2 папки - та, в которой он установлен, а другая - его настройки и история переписки в appdata, я эту папку к скайпу перенес, а в appdata просто симлинк на нее оставил, и все довольны, и переустановка системы не уничтожит переписку (и ее переносить не надо - можно ведь и забыть)
Один из дисков архивный - там редкоиспользуемая инфа, бэкапы, архивы нужных прог, музыка, картинки, книги, и видео... Все по папкам разложено по типу содержимого, а в них еще иерархия есть...
Один под игры отдал, ну и отдельно системный....
Ну и большинство прог стараюсь на один диск ставить, не системный... В итоге одна прога на несколько систем работает... Но так далеко не все проги можно использовать, те, которые отказываются так работать, ставлю все-таки на системные диски... А хорошо себя чувствуют плееры, totalcmd, редакторы, хиасм, скайп, ася, ну и еще куча прог...

Систему когда поставил, настроил, поставил необходимый минимум прог, сразу забекапил - быстрее восстановить, чем переставлять, к томуже и настраивать ничего не надо
А физически все это представляет собой 3 винта, на каждом по системному разделу (ХР, семерка и линукс) и по 1-2 разделу с данными... Удобно - системы за MBR не грызутся (но при установке винды винты не принадлежащие данной системе приходиться обесточивать, а то винда на чужие MBR зарится), переключение через биос, каждый винт автономен...

Все конечно очень заморочено, но пришел к этому после многих переустановок за много лет, и при каждой испытывал то-или иное неудобство... Вот постарался сделать поудобнее...
Но опять же - это мое решение, и не всякому подойдет... В идеале каждый сам его ищет, под свою конкретную ситуацию, под привычки...[/flood]