случае несоответствия размеров алфавитов
не может такого быть. Если несоответствие размеров - нефик там делать. А если применять символ-заполнитель, то это уже не транслит. Это уже шифрование. Видишь, "там и слова-то такого нет", а смысл ? nesco писал(а):
Или предлагаешь выдать Error и перестать преобразовывать дальше 
Возьми любой разговорник - это транслит. Для русских - иностранные слова написаны русскими буквами и при том написано так, как они произносится носителями исходного языка, а не как пишутся.