Да, абсолютно верно, только FT-компоненты вне FT-контейнера не должны работать, и нужно понимать, что на опрос счётчика времени остаётся ровно между завершением одного "такта" (События таймера и ветки, его обрабатывающей, вплоть до самого её конца) и наступлением следующего. Кроме того, если такт произойдёт на момент опроса счётчика, то он будет пропущен. Можно, конечно, всем включить режим Wait (расплатой за это будет повышение шансов полной рассинхронизации, если такты лавинообразно будут выполняться дольше 500 мкс - наступит цепочка блокировок, начнётся серьёзный сдвиг по фазе и накопление неотработавших тактов в очереди, вероятно переполнение и... В общем, действуйте с умом.
------------ Дoбавленo в 21.02:
Чтобы нивелировать эффект от пропуска тактов можно зарегистрировать не два, а четыре таймера, парами, запущенными со смещением, немного превышающим максимальное чтение счётчика по времени, режим - NoWait. Тогда вероятность, что хотя бы один из пары сработает, резко возрастёт.
------------ Дoбавленo в 21.05:
Если хотим точности, то можно потратить некоторое время на автокалибровку программы - самостоятельный замер всех задержек и подгонка таймеров на конкретном ПК в конкретном режиме (мало ли, экономия энергии включится или конкурентный режим ядра процессора ОС реализует). Это самый профессиональный вариант, но работы потребуется немало