Сами разработчики рекомендуют делать VACUUM в отдельной транзакции, разбирали уже это на форуме, еще Alexbotch присутствовал. Я тоже проверял, не всегда нормально VACUUM отрабатывал совместно с другими запросами, и мне его пришлось вытащить в отдельный элемент.