Существует много способов, правда, они используются в вирусах:
* Две запущенных одинаковых программы следят друг за другом: если одну завершают, другая запускает ее еще раз.
* Сделать процесс "невидимым", т.е скрытым из списка процессов.
* Сделать процесс системным (неубиваемым стандартными методами).