Минусы нативного кода C++:
- Отдельная разработка студии под разные ОС
- Баги закрывать придётся везде по разному (Отдельно в Linux, в Windows 98, в Windows XP, в Windows 7, в MacOS)

Плюсы Java:
- Отсутствие сегментации согласно закона "написано однажды - работает всегда".
- Будет проще портануть среду на Android, возможно сохранится возможность компиляции на устройстве и для устройства.
- Кучи библиотек с документацией, среда может сама выдёргивать методы из классов и давать пример обращения к нему. Такого нет в dll.
------------ Дoбавленo в 13.19:
это не считая армии поклонников Java