Ну значится так...
Bukkit начиная с какой-то версии не использует стандартный ввод/вывод с консоли. Это позволяет использовать стрелочки для управления курсором и выводить цветные надписи (правда, цвета работают только в *nixах). Поэтому есть несколько решений проблемы:
1. Найти поиском по forums.bukkit.org тему с описанием того, как эту библиотеку отключить - тогда, по идее, должен работать doConsoleInput
2. Использовать KeyEvent для отправки команды побуквенно (и плюс клавиша Enter). По идее, должно сработать
3. Найти плагин для удалённого управления сервером и использовать TCP_Client.