Простите за мою лексику, но вы снова за старое - за кликозадротство.
Ну научится среда делить поле пополам с перетаскиванием туда-сюда связей, но это не поможет ничем, т.к. с проблемой у корня мы не разобрались, при всех ваших предложениях, построить более крупные схемы будет ничем не проще + ваще ноухау на 2 рабочих поля, не слабо создаёт запутывающий эффект. Показ скрытых точек, где он? Да его никто использовать не будет в таком виде, т.к. там нет и половины точек, а точки изменяемых свойств где ? И где спрашивается прогресс, даже если все ваши предложения реализовать прям сейчас, они будут никому не нужны.

Я предлагаю разделить доработки среды на типы для новичка и для опытного и сейчас как раз опираться на доработку вторых, поскольку все новички рано или поздно могут упереться в стену, которую в своё время познал я сам.

Должен быть способ, делать автолинковку не прокручиваядвигая поле, на одном месте тыкнул компонент, в нём выбрал что и куда цеплять, нажал Enter всё.
Ваши же предложения меня ужасают, что за тыказадродство мозга? Где поощрение наконец для более продвинутых? Каждый чтоли обязан становиться кликозадротом, только из-за того что среда ориентированна на дядю петю, который второй раз в жизни увидел компьютер?
С автолинковкой всё сказал

Теперь о стандартизации
При текущем положении, дел, больших программ не построить в основном потому - что связей тащить на сотни километров, структуру пакета в понимаемом виде поддерживать сложно.
Как я говорил ранее "Даёшь народу каждому нужному пакету(контейнеру) и компоненту по имени!!!".
Что такое прозрачный пакет(или сейчас контейнер) - пакет которому не присвоено имя. Он отдает компоненты лежащие в нём при вызове последнего по дереву вложенности именованного пакета так как будто они лежат в главной директории именованного пакета.
пример:
Program -> Base -> Logic -> Не_именованный_пакет -> именованный_компонент_Math
Program -> Base -> Logic -> именованный_компонент_If

Строка вызова компонентов:
Program.Base.Logic.именованный_компонент_Math.doOperation
Program.Base.Logic.именованный_компонент_If.doCompare