Длительность брал малую для теста 0.5-2 минуты, размер файла был разным (как и формат видео) от 4 МБ до 150МБ, но сейчас за тестовый беру это видео http://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=4135454 - наделал его копий 20 штук и копрлю разом приложению (имена от 01.mov до 20.mov) - обрывается на 8-9 видео, но пару раз получилось и на короткометражных мультиках про крота (XVID в 20 минут)

UPD:
Существенно ничего не менял, но прерывания в кодировании, пока прекратились, может везение, а может железо балуется. Вот что получилось.
http://rghost.ru/40005634
Делюсь сырым результатом. Пока думаю, как сделать общий прогреес. Не текущего файла а весь - тоесть суммирование всего времени и далее опираясь на суммарную длительность отображение того сколько времени видео в сумме обработано, но у меня получилось только следующее: Времея суммировалось и бралось за 100% прогрессбара, но отрисовывался он неверно.. Скажем есть три файла по часу. Общее время 3часа = 100%, при кодировании 1 файла на прогрессбаре отображалось значение до 33%, но когда начинал кодироваться второй фильм то прогрессбра сбрасывался на 0%. Вобще он нарастал только в пределах слеанного видео. Я поковырялся полчаса, но только запорол схему и потому закрыл без сохранения, а потому в той схеме, что выложил нет даже намека на этот общий прогресс, отслался только на текущий, увы. Не прошу никого делать этот общий прогрессбар, а просто даю код.
P.S. Пока писал этот пост кодирование снова застопорилось... http://savepic.su/2390390.png перезапустил, заново закинул фидео, стартанул кодирование и вот.... http://savepic.su/2378102.png
Ну и в Администрировании windows такой отчет по этой ошибке