sаmakacd, по факту в java, нет такого понятия как копирование файлов.
есть потоки.
т.е. образно ты открываешь файлик, загружаешь n-ое количество байт, как бы прогоняя через java, затем создаешь новый файл

File file = new File ("new_file.zip");

затем ищешь в либах какой нибудь байтовый writer и сохраняешь, затем повторяешь эти операции пока файл не кончится.
не забудь буферизировать