Если вас это не убедило, то вот вам более весомое доказательство, того что функция SetWindowRgn применило регион к окну.
Вот скриншот схемы в которой как устанавливается регион, так и получается регион с окна, после чего этот регион отрисовывается на PaintBox-е.
Сама тестовая схема
Обратите внимание что прозрачность Transparent=True у элемента Label установлено.
И для получения региона используется второй элемент, который не может содержать в себе данные о регионе кроме как получить их у окна.
Для теста нажмите вначале кнопку Test1 (регион установиться к окну), а потом кнопку Test2 у окна будет получен регион и отрисован на PaintBox-е.
А вот и результат схемы где прорисовки нормально элемента не произошло, но регион установлен, что видно по результатам работы функции GetWindowRgn которая и возвращает установленный регион.

Еще раз повторю причина неправильной прорисовки это не вина функции SetWindowRgn.

Так объясните эту суть.

------------ Дoбавленo в 09.48:
flash1103, вот вам еще один пример того что регион применен к панели.
Посмотрите работу этой схемы: Схема 2 (используются только стандартные элементы). Тут для тестирования установлен у панели свой курсор (crCD - курсор с диском), поводите курсором над панелью до нажатия на кнопку (Test1) и после нажатия. И обратите внимания что курсор мыши меняется только в том месте где применен регион (треугольная форма).