От форматирования может спасти только встроенная в железо флешки защита или мелкий рычажок на корпусе флешки (физически запрещающий запись на нее).
В линуксе есть такая утилита как cryptsetup, она просто не дает доступа к данным на разделе, пока не введешь пароль, но она требует предварительного форматирования.