На сайте этой программы достаточно подробно описано "как это работает". В цепочку драйверов между функциями Windows API и диском подставляется промежуточный драйвер, который перехватывает запись на диск и шифрует данные, а при чтении перехватывает и расшифровывает. Собственно, на диске данные могут быть представлены как угодно. Конкретно для данной программы зависит от режима шифрования (весь диск, указанный раздел, отдельный файл-контейнер).