Когда-то для ДОСа делал шифрование екзешеника + самостоятельная загрузка настройка адресов и передача управления в обход системных функций ... То есть вместо EXE-файла грузился какой-то левый формат "ZGR" ...
Загрузчики привязывал к дискете(чередование секторов (т е форматировал 9-й как первый ) + "инженерные дрожки" ) или к дате прошивки ПЗУ(По тем временам способ был довольно надежный ...)

Кстати, интересно, а можно-ли узнать SN контролера обычной флешки ?

Если получится можно привязывать даже ПО продаваемое через инет ...
Алгоритм прост
1 качаем ОДНОРАЗОВУЮ утилиту (Второй раз запустить можно но результат работы будет действителен только один раз )
2 Запускаем ... утиль просит вставить "надежную флешку"
3 Получаем хешь код SN
4 Отсылаем хешь (или сама утиль отсылает) на сайт
5 Получаем привязанную версию
6 Запускаем... вставляем флешку... Много радуемся !