В "программке, захватывающей звук с микрофона", выбери в качестве источника звука не микрофон, а то, откуда этот звук собственно происходит - выход на наушники.
Это ж надо так зарутить вопрос.
------------ Дoбавленo в 14.37:
Сам же ответил на свой вопрос