Вопрос решил так; сначала создается резервная папка на диске с:, далее все выделенные мной файлы копируются в неё и там же архивируются в zip-файл. Потом упакованный zip перемещается в ту папку куда было указано сохранение, а резервная удаляется.

Получилось громоздко и муторно, но зато нет потери в именах и лишних директорий не прибавляется. архив получается таким как я и задумал. Только файлы!