Да, похоже, стоило бы перед началом уничтожения элементов добавить вызов заинтересованных процедур типа FinalDo() аналогично InitDo().

В KOL есть возможность добавить свой обработчик сообщений через процедуру Applet.AttachProc(). Но в нём надо ещё понять, что сообщение идёт именно главной форме, а не какой-нибудь из дочерних. Может там по классу окна можно будет отличить.