Просто скажите мне, как работает этот компонент т.е в каком виде сохраняются записанные данные в файле

Запускаешь из PHP твой exe с передачей параметров, а из канала вывода exe принимаешь ответ и выводишь на консоль.
Что-то в этом духе CreatePipe(IN_READ,OUT_WRITE).