Здесь форум не связан со средой STM.

Ну а так: конфигурируешь порты в STM32CubeMX во вкладке "Pinout & Configuration", а частотные параметры камня "Clock Configuration"

Далее создаешь проект, в main.c, цикле while (1) пишешь:
Чтение с порта, например:
if (HAL_GPIO_ReadPin(GPIOA, GPIO_PIN_13)) // лог.1?
{
что-то делаешь
}
Установить порт в лог.1 командой, например: HAL_GPIO_WritePin(GPIOB, GPIO_PIN_11, GPIO_PIN_SET);