На мой взгляд, контролы должны принадлежать плагину, а не среде. И создавать их должен плагин, а не среда. Тогда и проблем таких не будет. Надо лишь решить проблему с родителем, причём не только для плагинов, а для DLL вообще. Связь со средой сделана верно, но это должна быть связь только со средой, а не с контролами плагина.

Надо для плагина/DLL сделать свои ChildForm(Ex) и Panel(Ex), и разрешить их вставку в схему плагина/DLL.