правильные оба. make.bat из папки FPC собирает только системные юниты. Модули элементов собираются один раз и кладуться в папку Elements/Delphi/code/units уже в процессе компиляции схемы. Это удобно тем, что при подключение одного компилятора к нескольким средам экономится место. А так впринципе разницы нет никакой.

HikeR, даже если собрать fpc в linux и все виндовые модули пересобрать там же на нем - программы всеравно не будут работать без Wine.