для глобальной смены цветов линков предусмотрена соответсвующая опция в настройках. Делать этого однако лучше не стоит.

толщина линий - видимо уместно добавить такую опцию. В том числе и в ctrl+m.

цвет фона - выбирается из текущей темы Windows и является цветом рабочей области окна. До сих никто толком не объяснил, почему этот цвет не мешает, например, при редактирование текста в notepad или word и мешает при редактирование схем в hiasm.