да просто web-ориентированную ее сделать и проблем нет. Все вон аськами пользуются и в файрволах разрешение для работы программы выставляют.
А еще как идея - хранить часть программы на сервере. В SEO таких программ вагон и маленькая тележка и ничего - существуют.