Идеи - россыпью
Не забываем, что это - просто поток мысли, не надо сразу же набрасываться и критиковать в ключе "да ты знаешь как всё это сложно сделать" или "да это не нужно". Я стараюсь не писать того, что бы не помогло многим реально, и не было бы теоретически реализуемо. Особенно - совместными усилиями. Считайте это идеями Автору при развитии интерфейса в дальнейшем. Или вольным программистам, решившим написать внешний парсер. Лучше добавляйте свои идеи.

Кстати, да. Хотя бы номера разрывам при создании присваивались, или аббревиатуры от названий точек+нумерация во избежание путаницы. Если устраивает - не трогаешь, рисуешь схему дальше.
------------ Дoбавленo в 08.34:
Всё-таки для повышения читаемости схемы полезно написать внешний обработчик SHAввести режимсервисную функцию (одномоментную) "отталкивания" элементов друг от друга на расстояние не меньше размера элемента, с перестройкой связей, пока перекрытые ими связи не откроются.
И/или "вытеснения" связей из-под компонентов в поле обзора. Спрятавшиеся под компонентами связи, идущие не понятно к какой точке компонента - зло. Конечно, в случае применения такого алгоритма сложенные каскадом однотипные элементы могут потерять красивый строй. Ну, можно применять только к выделенным областям, или напротив - ко всему, кроме того, что в рамкевыделено. В общем, вариантов много. Между красивой лесенкой каскада и видимостью всех линий на всём протяжении без сокрытий и наложений большинство изучающих схему, уверен, выбрали бы второе.
И чтобы совпадаюшие связи хотя бы на пару пикселей расходились. И если не штриховку, то хотя бы уровни яркости разные имели в такой "шине".
------------ Дoбавленo в 08.43:
Возможно, человек, складом ума напоминающий Tad, но менее опытный и усидчивый, оценил бы функцию автоматического разрыва тех связей, что не получилось оттрассировать без множественных перекрытий и пересеченийналожений со связями того же цвета. С автоименованием, естественно, как мы помним)
------------ Дoбавленo в 09.05:
Кстати, при пересечении связей одного цвета тоже можно слегка менять оттенок всей связи, как и при параллельной прокладке (см.прошлые идеи). Это позволит мозгу читающего схему очень быстро понимать, что там нет поворота, скрывшегося под совпадающей по цвету линией. На данный же момент приходится маяться проведением мышкой над точками чтобы проследить, куда связь-то шла. А у меня - планшет, мне не так то просто прицелиться и держать руку с пером абсолютно неподвижно, пытаясь разглядеть под рукой и пером, что там всплывает над точкой и какая связь пожирнела, и прокрутки нормальной нет вообще. Да и на обычном ПК мышкой утомляет в снайпера играть лишний раз.
------------ Дoбавленo в 09.09:
В связи с этим - ещё одна идея. Кстати, гораздо легче реализуемая. При выборе элемента и зажатии на нём левой кнопки мышки (перетаскивание) выделять толщиной все идущие от него связи. В силу царящей одноцветности это ОЧЕНЬ сильно упростит жизнь равно как обычным пользователям, изучающим чужие схемы и ищущим ошибки в своих, так и людям с плохим зрением, или неточной мышкой, или планшетом )))