А это давно известный факт: чем больше программа, тем больше мусора после неё остается. Поэтому я тестирую все программы на виртуальной машине, а когда устанавливаю на реальный компьютер, то делаю это под контролем "анинсталлера" (снимок системы перед установкой, снимок после, сравниваем снимки, лог-файл сохраняем).