В силу асинхронности пользовательских операционных систем программные решения не полноценная альтернатива, а лишь суррогатная подмена аппаратных. Перекладывать критичные к точности и скорости места на специализированную аппаратную часть следует при любой возможности, а, при наличии готового устройства, возможность у Вас как раз есть. Компьютеру остаётся кодировать символьную информацию, а фазовую модуляцию если и делать программно, то только в системе реального времени подобной тем, что зашивают в контроллеры.