Ни что не мешает запущенной программе сменить самой себе имя исполняемого файла на другое, скажем: XXX.exe.old потом можно закачать обновление (средствами самой программы)и сохранить его под прежним именем. Попросить пользователя выйти из программы для вступления в силу изменений.